當食道裂孔疝氣(橫膈膜疝氣)的症狀無法利用藥物控制或患者無法忍受時，就必須通過手術治療。食道裂孔疝氣(橫膈膜疝氣)的手術治療方式，可以微創腹腔鏡手術進行，將橫膈膜裂孔局部縫合變緊(Hiatal hernia repair)，修補疝氣後，再使用胃底包埋折疊術(Nissen Fundoplication)，將胃的頂端包裹住食道並縫合在一起，構建出較緊密的區域，增加支撐以達到阻止胃酸逆流的效果，也避免胃部因上下滑動產生疝氣的機率。手術只要在腹壁開3-5個0.5-1.2公分的小孔即可執行，傷口小，恢復快，術後最快當天即可出院，已經被證明是相當安全有效的治療方式。

食道裂孔疝氣(橫膈膜疝氣)的手術治療，經驗不足的醫師，在執行胃底包埋時，若胃包埋的角度不對及鬆緊程度拿捏不好，可能會造成抗胃酸逆流的效果不如預期，或是包得太緊導致病人吞嚥困難，甚至可能會造成如滲漏、出血等併發症。所以執刀醫師對於腹腔鏡手術的熟悉度，是影響手術成敗的關鍵之一，一般的食道裂孔疝氣(橫膈膜疝氣)可能需要1-2小時才能完成，而經驗豐富的醫師可以把手術時間縮短至30-40分鐘。